Lara Croft wird von der Geschäftsfrau Jacqueline Natla beauftragt, ein Artefakt namens Scion in Peru zu finden. Als sie es entdeckt, wird sie von Natla betrogen. Lara macht sich selbstständig auf die Suche nach den restlichen Fragmenten des Scion. Die Reise führt sie durch das antike Griechenland, ägyptische Pyramiden und schließlich in das vergessene Atlantis, wo sie entdeckt, dass Natla eine der drei uralten Herrscherinnen von Atlantis ist. Natla will das Scion nutzen, um eine neue Rasse zu erschaffen. Lara zerstört das Artefakt und tötet Natla – scheinbar.

Lara sucht nach dem Dolch von Xian, einer mystischen chinesischen Waffe, mit der man sich in einen Drachen verwandeln kann. Der Mafioso Marco Bartoli ist ebenfalls hinter dem Dolch her. Lara reist ihm hinterher durch Venedig, ein gesunkenes Schiff und tibetische Klöster. Am Ende verwandelt sich Bartoli tatsächlich in einen Drachen, wird aber von Lara getötet. Sie nimmt den Dolch an sich – und zerstört ihn.

Lara sucht nach vier mysteriösen Artefakten, die aus einem Meteoritengestein bestehen. Die Firma RX Tech experimentiert damit, was gefährliche Nebenwirkungen hat. Die Artefakte wurden über die ganze Welt verstreut: in Indien, auf einer verlassenen Militärbasis in Nevada, in London und auf den Südseeinseln. Die Spur führt schließlich zur Antarktis, wo Lara den verrückten Wissenschaftler Dr. Willard bekämpft, der sich durch die Artefakte in ein Monster verwandelt. Lara besiegt ihn und zerstört die Artefakte.

Die Geschichte beginnt mit einem Rückblick: Lara ist 16 Jahre alt und auf einer Expedition in Kambodscha mit ihrem Mentor Werner Von Croy. Im Verlauf des Spiels befreit Lara versehentlich den ägyptischen Gott Seth aus seinem Gefängnis, als sie das Amulett von Horus entnimmt. Um die Welt zu retten, muss sie das Gleichgewicht wiederherstellen, indem sie Horus beschwört, um Seth zu besiegen. In einem dramatischen Finale wird Lara unter einer zusammenstürzenden Tempelruine verschüttet – und für tot gehalten.

Nach Laras scheinbarem Tod halten ihre Freunde (Winston, Jean-Yves und Bruder Patrick) eine Gedenkzeremonie ab und erzählen dabei vier Rückblicke auf vergangene Abenteuer:

  1. Rom – Lara jagt den „Philosophenstein“.

  2. Russisches U-Boot – Sie sucht nach dem Speer des Schicksals.

  3. Irland (als Teenager) – Ein übernatürliches Abenteuer mit einem Dämon.

  4. Hightech-Gebäude von VCI – Lara stiehlt ein geheimes Artefakt.

Diese Episoden zeigen verschiedene Seiten von Lara. Das Spiel endet mit einem Hoffnungsschimmer: Winston sagt, dass Lara vielleicht doch noch lebt…